请前辈讲解下”群体SNP检测数据分析“？

本菜鸟是做技术支持的，我看文献有关群体SNP检测有新的算法来代替以前的"个体SNP分析后整合的方法"（何伟明. 基于重测序数据的群体 SNP 位点检测及基因型判断[D]. 华南理工大学, 2013.），想了解下现在重测<爱尬聊_百科全书>序群体进化、结构、多样性分析，运用新型算法的优势是什么？我个人觉得个体SNP分析后整合不是更能说明群体的遗传结构吗（个体数量足够）？
还有有一些GWAS的文章中(Morris G P, Ramu P, Deshpande S P, et al. Population genomic and genome-wide association studies of agroclimatic traits in sorghum[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2013, 110(2): 453-458.)，运用混养策略，以相同的地点的不同个体做pool这样后续分析是什么样的思路？望前辈赐教！

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